در بررسی تحولات سیاسی جنبش جنگلی، تضاد میان اهداف ملی-مذهبی رهبری جنبش و رویکردهای ایدئولوژیک کمونیستهای روسی، یکی از نقاط بحرانی این دوران به شمار میرود. این تقابل که از عدم پایبندی روسیه به تعهداتش آغاز شد، به تدریج منجر به شکافی عمیق میان میرزا کوچک خان و عوامل روسی گردید.
میرزا کوچک خان در تلاش برای مدیریت وضعیت، ابتدا سعی نمود از طریق مجاری دیپلماتیک و میانجیگری، نظم را بازگرداند. در همین راستا، وی دو نماینده نزد نریمانوف، رئیس شورای جمهوری قفقاز، اعزام کرد و از او خواست تا از این اقدامات «چپروانه» که نتیجهای جز دور کردن مردم از اهداف جنبش نداشت، جلوگیری نماید. نریمانوف در پاسخ، از سران حزب کمونیست خواست تا از این دست اقدامات دست بردارند، اما آنها این درخواست را نپذیرفتند. (فخرایی: ۱۳۵۴، ۲۶۷)
با شکست این رایزنیها و نادیده گرفته شدن خواستههای میرزا، تنشها به اوج خود رسید و اقدامات روسیه در گیلان تندتر شد. روسها به توافقات منعقد با میرزا کوچک خان پایبند نبودند و در رشت به تبلیغات گسترده کمونیستی پرداختند؛ تا جایی که صدها نفر از کمونیستهای روسی وارد گیلان شدند تا این جریان را ترویج کنند. در پی اوجگیری این تبلیغات و اقدامات خودسرانه روسها و کمونیستهای ایرانی در منطقه، زمانی که نقشه ترور میرزا کوچک خان (که قرار بود در میتینگ نهم مرداد ۱۲۹۹ در سبزهمیدان رشت اجرا شود) فاش شد و همفکران وی دستگیر شدند، میرزا در واکنشی قاطع، پس از مشورت با سران جنگل و به محض دریافت دعوتنامه میتینگ، تصمیم به ترک رشت گرفت.
او پیش از خروج از رشت، در آخرین تلاش برای ابلاغ اعتراضات و تشریح وضعیت، نامهای در این زمینه برای لنین نوشت و آن را توسط دو نمایندهی خود، میرصالح مظفرزاده و گائوک آلمانی، به مسکو فرستاد. (یوسفدهی: ۱۳۹۳/۳، ۶۲) سپس به نشانه اعتراض به فومن رفت و صراحتاً اعلام کرد که تا زمانی که از اقدامات کمونیستها جلوگیری نشود، به رشت باز نخواهد گشت. (فخرایی: ۱۳۵۴، ۲۶۹) در همین راستا، میرزا پنج میلیون عدد فشنگ اهدایی روسها و دو میلیون تومان وجوه اعانه را نیز با خود به فومن منتقل کرد. (یوسفدهی: ۱۳۹۳/۳، ۶۲)